Accès à l’outil 

L’ensemble des codes, les instructions pour l’installation et un tutoriel de biodivMapR sont disponibles sur une page web dédiée : jbferet.github.io/biodivMapR/index.html

Présentation

biodivMapR est un package développé en langage R permettant de produire des cartes d’indicateurs de biodiversité à partir de l’information issue de données d’imagerie optique. Les indicateurs de diversité calculés sont associés aux composantes α et β de la biodiversité et permettent, notamment, de cartographier des indicateurs de richesse et d’abondance, comme l’indice de Shannon, et des indicateurs de distribution de communautés d’espèces exprimés par la dissimilarité de Bray-Curtis. Ces indicateurs de diversité sont calculés à partir de l’hétérogénéité spatiale de l’information spectrale (Spectral Variation Hypothesis) et ont montré une bonne concordance avec les informations recueillies sur le terrain à l’aide d’inventaires forestiers.

biodivMapR s’appuie sur le potentiel démontré des données d’imagerie optique pour estimer des indicateurs de biodiversité en milieux de forêts tropicales. Les données d’imagerie hyperspectrale aéroportée ont notamment été utilisées dans le cadre de plusieurs travaux de recherche indépendants, et sont actuellement exploitées dans le cadre d’observatoires écologiques nationaux. La disponibilité des données optiques multispectrales Sentinel-2 permet d’envisager la transposition de méthodes existantes pour un suivi à une échelle régionale. C’est ce que propose biodivMapR. Bien que développée initialement pour l’étude des forêts tropicale, son application à d’autres types de milieux est par ailleurs envisageable.

Renseigner les variables essentielles pour la biodiversité

En contribuant au suivi efficace des écosystèmes et à l’opérationnalisation des méthodes de suivi avec l’appui des moyens d’observation de la Terre disponibles, biodivMapR contribue aux travaux du CES Variables pour la biodiversité. Les variables essentielles pour la biodiversité (EBVs), définies par le GEO-BON, veulent documenter les différents facteurs à l’œuvre dans l’érosion de la biodiversité, particulièrement marquée et inquiétante dans les milieux forestiers tropicaux. 

Contact

Jean-Baptiste Féret
INRAE | TETIS
@JB.Feret

Florian de Boissieu
INRAE | TETIS

Références

La méthode initiale est présentée dans la publication suivante :
Féret, J.-B., Asner, G.P., 2014. Mapping tropical forest canopy diversity using high-fidelity imaging spectroscopy. Ecol. Appl. 24, 1289–1296.  doi.org/10.1890/13-1824.1

Les évolutions de la méthode et le fonctionnement de biodivMapR sont présentés dans la publication suivante :
Féret, J.-B., de Boissieu, F., 2019. biodivMapR: an R package for α- and β-diversity mapping using remotely-sensed images. Methods Ecol. Evol. 00:1-7.  doi.org/10.1111/2041-210X.13310

Le développement de biodivMapR a été permis par le support financier du programme de financement TOSCA du CNES (projets HyperTropik et HyperBIO) ainsi que par l’Agence Nationale de la Recherche (BioCop project—ANR-17-CE32-0001).